En cumplimiento con el Plan de Manejo del Área Natural Protegida (ANP) con categoría de Paisaje Protegido: “Peña de Bernal”, se ha instalado el Consejo Administrativo del sitio. Este organismo tiene como objetivo ser un órgano de consulta y apoyo en la formulación, ejecución, seguimiento y evaluación de políticas para administrar la zona.
El Consejo incluye la participación de propietarios o poseedores de los terrenos dentro del área natural protegida, así como representantes de la Secretaría de Desarrollo Sustentable del Poder Ejecutivo del Estado de Querétaro (SEDESU), la Secretaría de Desarrollo Agropecuario (SEDEA), la Secretaría de Turismo y otras instituciones.
También participan la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT), la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA), el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), la Procuraduría Estatal de Protección al Medio Ambiente y Desarrollo Urbano (PEPMADU), la Universidad Autónoma de Querétaro (UAQ), y los municipios de Ezequiel Montes y Tolimán.
